Akademik Zərifə Əliyevanın Azərbaycanda oftalmologiya elminin inkişafında müstəsna xidmətləri vardır. O, vaxtilə Azərbaycanda geniş yayılmış traxomanın, dünya təcrübəsində birincilər sırasında peşə, xüsusilə kimya və elektron sənayelərində peşə fəaliyyəti ilə bağlı göz xəstəliklərinin öyrənilməsi, profilaktikası və müalicəsinə, habelə oftalmologiyanın müasir problemlərinə dair bir çox sanballı tədqiqatların, o cümlədən "Terapevtik oftalmologiya", "İridodiaqnostikanın əsasları" kimi nadir elmi əsərlərin müəlliflərindən biri, 12 monoqrafiya, dərslik və dərs vəsaitinin, 150-yə yaxın elmi işin, 1 ixtira və 12 səmərələşdirici təklifin müəllifidir. Z.Əliyeva yüksək ixtisaslı səhiyyə kadrları hazırlanmasına böyük əmək sərf etmişdir. Akademik Zərifə Əliyeva Ümumittifaq Oftalmoloqlar Cəmiyyəti Rəyasət Heyətinin, Sovet Sülhü Müdafiə Komitəsinin, Azərbaycan Oftalmologiya Cəmiyyəti İdarə Heyətinin, "Vestnik oftalmoloqu" (Moskva) jurnalı redaksiya heyətinin üzvü idi.

Yüksək elmi nailiyyətlərinə görə 1980-ci ildə Azərbaycan əməkdar elm xadimi, 1981-ci ildə isə SSRİ Tibb Elmlər Akademiyasının M.İ.Averbax adına mükafatına layiq görülmüş ilk qadındır.

Azərbaycanda Tibbi deontologiyanın inkişafında akademik Zərifə Əliyevanın böyük rolu olmuşdur. Onun tibbi etika və deontologiyaya dair baxışları “Yüksək əqidə” (həkimlik etikası) əsərində ətraflı əks olunmuşdur.